Voici mon problème : mon site va être intégré à l'intérieur d'un portail, cad que mon site sera placé entre le header et le footer de ce portail.
Du point de vue du rférencement, je me demande comment les moteurs de recherche vont réagir : mon site référencé en 1er pour certains mots clés restera t'il à cette position, ou bien le portail prendra t'il l'ascendant en passant devant dans les résultats de recherche...?

Bonjour,

Les outils de recherche prennent en compte le code de tes pages coté "client".
Afin de savoir ce qui va être référencé il suffit d'aller sur ta page et de visualiser le code HTML avec ton navigateur.

En ce qui concerne le positionnement de ton site, il dépend de plusieurs critères : contenu, titres, méta, page rank, liens internes, externes, des autres sites référencés ...

Si tu veux garder le même positionnement essaye de garder a peu près le même contenu, les mêmes "title", les mêmes liens, alt, ...