Bonjour Kurkaine,
Je pense que l'on me corrigera si je me trompe, mais c'est justement le but des redirections 301, indiquer aux moteurs de recherche de remplacer dans leur index l'ancienne adresse par la nouvelle et de réorienter automatiquement les visiteurs qui taperaient l'ancienne url vers la nouvelle. Mais il est aussi indispensable de bien faire connaître tes modifications à ceux qui avaient fait des liens vers chez toi afin qu'ils mettent leurs liens à jour. Ainsi quand toutes les traces de liens vers ton ancien domaine auront disparu tu pourras te débarrasser intégralement de l'ancien site

Comme le disait Campagne, pense aussi à faire un tour dans Google Webmaster Tools.
Pour ma part, il y a peu, j'ai changé de CMS, j'ai quelques articles qui m'attiraient des visiteurs mais lors de ce changement mes urls ont été modifiées, eh bien à l'aide de redirections 301, ce sont toujours les mêmes pages qui m'amènent des visiteurs, c'est passé tout seul. Je n'avais pas changé de nom de domaine, mais l'organisation des pages n'avait plus rien à voir, ce qui revient au final, je pense, au même.
Et puis pourquoi ne pas tester simplement sur quelques pages pour commencer et voir comment cela se passe ? Ca te permettra de te rassurer sur la perte ou non de référencement