la banque va pas t'apporter grand chose, elle ne gérera pas la sécurité des transactions a ta place. La banque est la pour vendre un service , a toi de l'intégrer. Néanmoins il est vrai qu'en souscrivant à leur offre, ils devraient en principe te faire parvenir un kit d'intégration.
Généralement il s'agit d'une API coté serveur web qui permet de communiquer avec le serveur bancaire chargé de la transaction.
tu auras certainement une doc pour te guider pour l'intégration mais il est vrai que si tu es novice c'est un peu risqué pour ton client.
Coté script évidemment je te conseille oscommerce qui balaye tous les inconvenients de ses concurrents (evolutivité, sécurité, pas de licence etc..) et qui plus est, les banques ont désormais connaissance de cette solution et sont donc a même de t'assister (même si perso j'ai rarement vu une banque (a part le credit mutuel il est vrai) etre d'une quelconque aide technique

)
par contre il va falloir penser a intégrer tes deux bases mysql sinon tu risques la redondance d'informations et tu auras besoin de faire une synchro entre tes bases...