Hello,
Je pense également que la première méthode est la meilleure : "domaine.com/dossier/sous-dossier/page.html".
Même au point de vue du référencement, les robots des moteurs de recherche aprécient les dossiers dans les url, de plus dans le cas d'une sandbox, Google peut uniquement te sandboxer un dossier et non tout ton site !!! Alors ce n'est pas un avantage négligeable...
Et les tirets dans les url, ce n'est pas trop grave tant qu'il n'y a pas d'abus !
Bon courage.