Pour info, il est tout a fait possible d'utiliser eAccelerator avec SuPHP en FastCGI. (malgré ce que l'on peut lire sur le net)
http://www.eaccelerator.net/wiki/Faq
Sur un petit forum, en execution, je passe de 0,033s (avec eaccelerator) à 0,067s (sans eaccelerator) en moyenne sur quelques refresh.
On peut donc, avec SuPHP, fournir par virtualhost, une version de PHP precise, avec un php.ini precis et avec ou non eAccelerator d'activé