Je n'ais pas autant de référence sur ma boutique en ligne mais j'en ais quasiment autant dans le magasin où je bosse. Nous avons choisi de ne pas mettre toutes les références en ligne car c'est un boulot énorme pour controler le catalogue : mise à jour, animation du catalogue, gestion des stocks et des délais de réapprovisionnement, ...
Un tel catalogue passe par des outils en interne très développé. Il y a aussi plein de petites astuces pour gagner du temps dans la mise à jour.
En même temps, le type de produit (papeterie, livre, ...) ne doit pas trop pauser de problème car 1 livre = 1 référence (pas d'option : couleur, taille, autre).
Si ton client à les moyens, tu peux aussi voir la chose d'une manière différente : ce n'est pas 1 catalogue de 10.000 références qu'il veut mais [exemple] 10 catalogues de 1000 références. En mettant un chef de produit à la tête de chaque catalogue, ça devient tout de suite plus facile.