Merci quand même de ton aide mais j'ai fini par trouver la solution de moi même.
Voilà ce que j'ai fait si tu veux comprendre ce que je voulais
CODE
<VirtualHost *:80>
ServerName mondomaineprincipal.fr
DocumentRoot "/var/www/mondomaineprincipal.fr"
CustomLog "/usr/local/apache2/logs/mondomaineprincipal.fr.log" combined
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine On
# RewriteLog /var/www/mondomaineprincipal.fr/log.txt
# RewriteLogLevel 9
RewriteCond %{HTTP_HOST} !mondomaineprincipal [NC]
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www [NC]
RewriteCond %{HTTP_HOST} (.*) [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://www.%1 [QSA,L]
RewriteCond %{HTTP_HOST} !mondomaineprincipal [NC]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.*) [NC]
RewriteRule ^(.*)$ /initial/index.php?domain=%1 [QSA,L]
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.mondomaineprincipal\.fr$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://www.mondomaineprincipal.fr$1 [QSA,L]
RewriteRule .*/awstats|cgi-bin|css|img|initial|js|qmailadmin|vqadmin - [L]
RewriteRule .*/secure/.* https://www.mondomaineprincipal.fr [L]
RewriteRule ^(.*)$ /index.php [QSA,L]
</VirtualHost>
<VirtualHost *:80>
ServerName initial.mondomaineprincipal.fr
DocumentRoot "/var/www/mondomaineprincipal.fr-initial"
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteRule ^/([0-9]{6})/(.*)$ /index.php?id=$1 [QSA,L]
</VirtualHost>