Bonjour,
L'infogérance d'un serveur passe parfois par une simple optimisation des scripts qu'il héberge, par exemple en regardant si les requêtes sql sont écrites correctement. Pour faire plusieurs select de suite par exemple, il vaut mieux commencer par le select qui va donner le moins de réponse pour faire ensuite un select dans ce qui reste. Cela peut paraitre bête mais on trouve malheureusement trés souvent ce type "d'erreur" dans les scripts php.
Il faut également regarder si les bases mysql sont correctement indexés, commande mysqlcheck ça peut parfois faire des miracles.
Sinon pour pouvoir réellement déterminer d'où vient le problème, il faut d'une part mettre votre serveur sous monitoring, d'autre part faire une interprétation de vos logs, et également bien connaitre les scripts que vous hébergez.
Si vous avez besoin d'une mise sous monito y a moyen de faire ça
Bien amicalement,
Benxico
Ps : essaye de faire un screen avec un peu d'uptime que 2 min