En haut c'est mieux... Par contre, est-ce que le site utilise un header.php? Car dans ce cas c'est mieux de le mettre dedans: généralement, quand il y a un header.php, toutes les pages y font appel donc par la même occasion le meta.php serait appelé par toutes les pages => c'est mieux pour le référencement!
Sinon, il est possible qu'il faille mettre l'include("meta.php"); dans toutes les pages...